La influencia de la apariencia de un caballo en su salud, valor sentimental y monetario ha impulsado el deseo de entender la etiología del color del pelaje. Las marcas blancas en el pelaje definen la inclusión para múltiples razas de caballos, pero pueden descalificar a un caballo de la inscripción en otras razas. En caballos domesticados, 35 alelos están asociados con o causan despigmentación y manchas blancas. Es un concepto erróneo común entre el público en general que un caballo solo puede poseer dos variantes. Para corregir este concepto erróneo, utilizamos datos de NGS faseados de BEAGLE 5.4 para identificar 15 haplotipos que poseen dos o más variantes previamente asociadas con fenotipos de despigmentación. Obtuvimos fotos de 161 caballos que comprenden 12 genotipos compuestos con tres o más variantes y empleamos un método estandarizado para calificar la despigmentación, obteniendo puntuaciones blancas promedio para cada genotipo compuesto único. Encontramos que 7 de los 12 haplotipos multivariantes resultaron en una despigmentación significativamente mayor en comparación con los haplotipos de variante única (ANOVA). Está claro que los caballos pueden poseer más de dos variantes, y el trabajo futuro tiene como objetivo documentar las variaciones fenotípicas para cada genotipo compuesto.