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Eficiente representación cromosómica de poblaciones a través de la indexación de genomas ancestrales

Autores: Haiminen, Niina; Utro, Filippo; Lebreton, Claude; Flament, Pascal; Karaman, Zivan; Parida, Laxmi

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2013

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Acceso abierto

Artículo científico
2013

Eficiente representación cromosómica de poblaciones a través de la indexación de genomas ancestrales


Categoría

Ingeniería y Tecnología

Subcategoría

Ingeniería de Software

Palabras clave

Desafíos
Marcadores
Simulaciones
Genomas
Individuos
Software

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 49

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Uno de los principales desafíos en el manejo de simulaciones realistas hacia adelante para la cría de plantas y animales es la gran cantidad de marcadores. Debido al avance de las tecnologías, el requisito ha crecido rápidamente de cientos de marcadores a millones. La mayoría de los simuladores no están a la altura para manejar estos tamaños, ya que no escalan bien. Presentamos un esquema para representar y manipular genomas de tamaño realista, sin pérdida de información. Por lo general, la simulación avanza durante decenas a cientos de generaciones con cientos de miles de individuos en cada generación. Demostramos a través de simulaciones que nuestra representación puede ser dos órdenes de magnitud más rápida y manejar al menos dos órdenes de magnitud más marcadores que el software existente en escenarios realistas de cría.

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