Los métodos de secuenciación de lectura larga permiten un análisis exhaustivo de los transcriptomas para identificar transcritos de longitud completa. Este método revolucionario representa un avance considerable para especies no modelo, ya que permite una mejor anotación génica y estudios de expresión génica en comparación con los métodos de secuenciación anteriores. Sin embargo, los tejidos de plantas leñosas representan un desafío para la preparación exitosa de bibliotecas de cDNA, lo que dificulta aún más los análisis de secuenciación de vanguardia. Aquí se describe un protocolo detallado para preparar bibliotecas de cDNA adecuadas para secuenciación de ARN de alto rendimiento utilizando las Tecnologías Oxford Nanopore. Este método se utilizó para preparar ocho bibliotecas de cDNA con códigos de barras a partir de dos líneas celulares: una con morfología compacta y competencia embriogénica (EC) y otra con friabilidad y no embriogénica (NEC). Las bibliotecas se secuenciaron con éxito y la evaluación de la calidad de los datos mostró altos puntajes medios de calidad. Mediante este método, la secuenciación de lectura larga permitirá un análisis exhaustivo de los transcriptomas de plantas.