Varios marcadores moleculares pueden aplicarse para acelerar el proceso de cría de plantas. El objetivo del presente estudio fue evaluar la utilidad de los marcadores disponibles relacionados con la resistencia a la podredumbre negra y buscar marcadores vinculados a genes que influyen en características morfológicas principales, adecuados para la selección posterior de híbridos. La combinación de los resultados de campo y moleculares permitió la selección de marcadores SSR útiles, incluidos los marcadores mstg004 y mstg027 relacionados con el color de las flores y el marcador mstg038 asociado con el color del tallo. También se realizaron ensayos de campo para investigar el nivel de resistencia a la podredumbre negra, lo que permitió la selección de híbridos de colza con , , y que mostraron la menor infestación. Además, se confirmó la funcionalidad de algunos de los marcadores vinculados a la resistencia. Se discute la importancia de la hibridación interespecífica y el uso de la selección asistida por marcadores, y se destaca la alta utilidad de los marcadores presentados en estudios futuros.