Medir la eficiencia de producción agrícola (EPA) y la eficiencia de transformación ecológica (ETE) es clave para la modernización agrícola y la construcción de la civilización ecológica regional. Basándonos en el conjunto de datos de insumos y productos agrícolas de la Franja Económica del Río Yangtsé (YREB) desde 2000 hasta 2015, utilizamos el análisis de frontera estocástica en panel (SFA) para medir la EPA y la ETE y explorar los patrones espacio-temporales de la EPA y la ETE regional desde la perspectiva geográfica. Nos basamos en las características de asociación cuantitativa para explorar el umbral clave del desarrollo económico ecológico en la agricultura. Los resultados muestran que: (1) En el período de estudio, la EPA aumentó de 0.2993 a 0.5495, lo que indica que el crecimiento acumulado de todo el período fue del 83.60%, y las unidades de alto valor cambiaron gradualmente de distribución puntual a distribución espacial; (2) Aunque la ETE de la YREB aumentó de 2000 a 2015, la proporción de las especies de primera clase seguía siendo solo del 7.26% en 2015, y al mismo tiempo se formaron las características de distribución de polarización en forma de U invertida de las ciudades de alta eficiencia y la estructura en banda de las unidades de toma de decisiones globales; (3) La mejora de la ETE tiene características de distribución segmentada y cruce de umbrales evidentes, y la EPA es igual a 0.661, que es el umbral para el crecimiento rápido y el crecimiento lento de la ETE. El marco de investigación, las reglas espacio-temporales y los umbrales clave tienen un valor de referencia para la modernización agrícola y la construcción de la civilización ecológica.