El conocimiento sobre la diversidad genética del germoplasma de frijol común disponible puede ayudar a los criadores a dirigir adecuadamente la elección del material genético en el proceso de cría. El objetivo del presente trabajo fue estimar la utilidad de 10 marcadores RAPD y 10 marcadores SCoT en la detección de la diversidad genética entre 33 genotipos de frijol común. Ambos sistemas de marcadores moleculares pudieron generar altos niveles de polimorfismo en el material genético, lo que fue respaldado por los relativamente altos valores de contenido de información polimórfica (PIC) observados para los marcadores utilizados. Se utilizaron el Índice de Detección de Diversidad (DDI) y el Índice de Marcador (MI) para comparar la efectividad de los marcadores RAPD y SCoT. Para ambas técnicas, se calcularon altos valores de MI y DDI, representando su efectividad. Los marcadores SCoT mostraron valores más altos de los parámetros utilizados (MI = 7.474, DI = 2.265) que los marcadores RAPD (MI = 5.323, DDI = 1.612), lo que indica su mayor eficiencia en la detección de variabilidad molecular. Se construyeron tres dendrogramas y se crearon gráficos de PCoA utilizando RAPD y SCoT, y ambos métodos combinados confirmaron una separación suficiente de los genotipos de frijol entre sí. Al mismo tiempo, también se demostró una mayor eficiencia de los marcadores SCoT en comparación con los marcadores RAPD en la detección de la diversidad genética de los frijoles. Los resultados pueden ser de interés futuro en la elección de material genéticamente distante para fines de cría.