Actualmente se utilizan diversas técnicas para tratar efluentes. La bioaumentación es una nueva estrategia de biorremediación que se ha empleado para mejorar la calidad de los efluentes mediante el tratamiento del agua durante el proceso de producción. Esta tecnología consiste básicamente en la adición de microorganismos capaces de degradar o eliminar compuestos contaminantes, especialmente materia orgánica y nutrientes. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos de la bioaumentación en algunos parámetros de la materia orgánica y en el rendimiento de tilapias juveniles en un sistema de producción acuícola intensiva. Se empleó la combinación de dos consorcios bacterianos en un diseño completamente aleatorizado en un análisis factorial de dos factores. Las diferencias estadísticas entre los tratamientos se analizaron mediante análisis de varianza (ANOVA) y la prueba de Tukey al 5%. Uno de los tratamientos, la suplementación con bacterias heterotróficas, logró reducir la demanda bioquímica de oxígeno (DBO) en un 23%, el carbono orgánico disuelto (COD) en un 83,7% y la biomasa fitoplanctónica en un 43%. Por otro lado, no se observaron daños ni en los indicadores físico-químicos de la calidad del agua ni en el rendimiento de crecimiento de las tilapias juveniles evaluadas en este estudio.