La evaluación de la educación superior se presenta como una tendencia mundial. Aims to improve performance due to its importance for economic and personal growth. Las actividades de posgrado son esenciales para los sistemas de investigación e innovación brasileños. Sin embargo, estudios previos han pasado por alto la importancia de este nivel educativo y han evaluado la eficiencia considerando conjuntamente la enseñanza y la investigación o solo los cursos de pregrado. Por lo tanto, este estudio contribuye a la realidad brasileña al demostrar una evaluación de eficiencia de las actividades de posgrado a nivel nacional que las considera como un sistema de dos etapas (etapas formativas y de producción científica). El estudio proporciona tres principales contribuciones metodológicas al presentar un nuevo modelo de análisis envolvente de datos de red dinámica de dos etapas centralizado con recursos compartidos. Además de medir la eficiencia, una descomposición de la eficiencia basada en una suposición de líder-seguidor muestra a los gerentes cuánto puede alterarse la eficiencia cuando una de las etapas necesita ser priorizada. Finalmente, un nuevo marco basado en insumos y resultados virtuales modificados proporciona una representación bidimensional de la frontera de eficiencia. Los resultados indican la utilidad del enfoque para clasificar universidades, y la necesidad de mejorar la producción científica, resaltando los impactos negativos del COVID-19 en la eficiencia del proceso formativo y mostrando que no hay discrepancias regionales significativas en cuanto al rendimiento.