El objetivo de este estudio fue comparar la eficiencia de dos metodologías, germinación de semillas (SG) y extracción física de semillas (SPE), para evaluar la comunidad de malezas de dos ubicaciones con diferentes condiciones de suelo y clima: M, con suelo seco y baja fertilidad, y S con alta humedad y fertilidad del suelo. Durante tres años de estudio, el análisis de ambas metodologías confirmó diferencias en la composición del banco de semillas. En M, se registraron menos semillas por SG que por SPE (13,5% y 86,5% respectivamente), mientras que en S, la diferencia entre los porcentajes fue menor (31,58% por SG y 68,41% por SPE). Nuestros hallazgos confirmaron que L., S. Watson y L. fueron encontradas en abundancia en M. También se encontraron semillas de Res., principalmente detectadas por SG. En S, (L.) Vill. fue ampliamente encontrada. Todas las especies encontradas en S fueron detectadas de manera similar por SG y SPE. Los resultados confirmaron que las condiciones climáticas y del suelo influenciaron la eficiencia de la metodología utilizada para evaluar el banco de semillas. Las condiciones de M llevaron a un aumento del reservorio de semillas, y ambas metodologías fueron necesarias para obtener la composición del banco de semillas. En las condiciones de S, el banco de semillas se renovaba continuamente, y cualquiera de las metodologías definía igualmente bien la composición del banco de semillas.