La antracnosis, una enfermedad fúngica que afecta a los árboles frutales y cultivos, representa una amenaza para la agricultura. Los pesticidas químicos tradicionales enfrentan problemas como la contaminación ambiental y la resistencia. Se propone una estrategia que combina productos químicos de baja toxicidad con biopesticidas para mejorar el control de enfermedades mientras se reduce el uso de químicos. Nuestro estudio encontró que la mezcla de validamicina A (VMA) y TCS001 controló efectivamente la antracnosis. La combinación aumentó la eficacia antifúngica en un 65.62% en comparación con VMA solo y un 18.83% en comparación con TCS001 solo. Provocó deformidades en el patógeno y pérdida de patogenicidad. El análisis transcriptómico reveló que la mezcla afectó el metabolismo y los procesos redox del patógeno, impactando particularmente las funciones de la membrana celular e induciendo apoptosis a través de la glucólisis/gluconeogénesis. Las pruebas in vivo mostraron que el tratamiento activó la resistencia a enfermedades, con un aumento del 161.72% en la concentración de polifenol oxidasa en las plantas tratadas. Esta investigación ofrece información sobre los mecanismos de VMA y TCS001 contra la antracnosis, apoyando la silvicultura sostenible y la seguridad nacional del aceite comestible.