Mecanismos subyacentes a los efectos terapéuticos de las gránulas JianPiYiFei II en el tratamiento de la EPOC basados en conjuntos de datos GEO, farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulaciones de dinámica molecular
Autores: Pang, Liyuan; Zhao, Yongjuan; Xu, Yang; Gao, Chencheng; Wang, Chao; Yu, Xiao; Wang, Fang; He, Kan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Mecanismos subyacentes a los efectos terapéuticos de las gránulas JianPiYiFei II en el tratamiento de la EPOC basados en conjuntos de datos GEO, farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulaciones de dinámica molecular
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Quercetina
Kaempferol
Estigmasterol
AKT1
IL-6
TNF
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 13
Citaciones: Sin citaciones
Antecedentes: Las gránulos JianPiYiFei (JPYF) II son un medicamento chino para el tratamiento de la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC). Sin embargo, los componentes principales y los mecanismos subyacentes de los gránulos JPYF II no se comprenden bien. Este estudio tuvo como objetivo elucidar el mecanismo potencial de los gránulos JPYF II en el tratamiento de la EPOC utilizando técnicas de farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulación de dinámica molecular. Métodos: Se encontraron los compuestos activos y los correspondientes objetivos proteicos de los gránulos JPYF II utilizando las bases de datos TCMSP, ETCM y Uniport, y se construyó una red de compuestos y objetivos utilizando Cytoscape3.9.1. Se buscaron los objetivos de la EPOC en conjuntos de datos GEO y en las bases de datos OMIM y GeneCards. Se obtuvo la intersección entre los objetivos relacionados con los compuestos efectivos y los objetivos relacionados con la enfermedad, se construyeron redes PPI y se realizaron análisis de enriquecimiento GO y KEGG. Luego, el análisis de acoplamiento molecular verificó los resultados obtenidos mediante farmacología de redes. Finalmente, los complejos proteína-compuesto obtenidos del análisis de acoplamiento molecular se simularon utilizando simulaciones de dinámica molecular (MD). Resultados: Los resultados de la farmacología de redes mostraron que la quercetina, el kaempferol y el estigmasterol son los principales compuestos activos en los gránulos JPYF II, y AKT1, IL-6 y TNF son proteínas objetivo clave. La vía de señalización PI3K/AKT es una vía potencial a través de la cual los gránulos JPYF II afectan la EPOC. Los resultados del análisis de acoplamiento molecular sugirieron que la quercetina, el kaempferol y el estigmasterol tienen una buena afinidad de unión con AKT1, IL-6 y TNF. Los resultados de la simulación de MD mostraron que TNF tiene una buena afinidad de unión con los compuestos. Conclusiones: Este estudio identificó los compuestos efectivos, los objetivos y los mecanismos moleculares subyacentes relacionados de los gránulos JPYF II en el tratamiento de la EPOC a través de técnicas de farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulaciones de MD, lo que proporciona una referencia para investigaciones posteriores sobre el tratamiento de la EPOC.
Descripción
Antecedentes: Las gránulos JianPiYiFei (JPYF) II son un medicamento chino para el tratamiento de la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC). Sin embargo, los componentes principales y los mecanismos subyacentes de los gránulos JPYF II no se comprenden bien. Este estudio tuvo como objetivo elucidar el mecanismo potencial de los gránulos JPYF II en el tratamiento de la EPOC utilizando técnicas de farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulación de dinámica molecular. Métodos: Se encontraron los compuestos activos y los correspondientes objetivos proteicos de los gránulos JPYF II utilizando las bases de datos TCMSP, ETCM y Uniport, y se construyó una red de compuestos y objetivos utilizando Cytoscape3.9.1. Se buscaron los objetivos de la EPOC en conjuntos de datos GEO y en las bases de datos OMIM y GeneCards. Se obtuvo la intersección entre los objetivos relacionados con los compuestos efectivos y los objetivos relacionados con la enfermedad, se construyeron redes PPI y se realizaron análisis de enriquecimiento GO y KEGG. Luego, el análisis de acoplamiento molecular verificó los resultados obtenidos mediante farmacología de redes. Finalmente, los complejos proteína-compuesto obtenidos del análisis de acoplamiento molecular se simularon utilizando simulaciones de dinámica molecular (MD). Resultados: Los resultados de la farmacología de redes mostraron que la quercetina, el kaempferol y el estigmasterol son los principales compuestos activos en los gránulos JPYF II, y AKT1, IL-6 y TNF son proteínas objetivo clave. La vía de señalización PI3K/AKT es una vía potencial a través de la cual los gránulos JPYF II afectan la EPOC. Los resultados del análisis de acoplamiento molecular sugirieron que la quercetina, el kaempferol y el estigmasterol tienen una buena afinidad de unión con AKT1, IL-6 y TNF. Los resultados de la simulación de MD mostraron que TNF tiene una buena afinidad de unión con los compuestos. Conclusiones: Este estudio identificó los compuestos efectivos, los objetivos y los mecanismos moleculares subyacentes relacionados de los gránulos JPYF II en el tratamiento de la EPOC a través de técnicas de farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulaciones de MD, lo que proporciona una referencia para investigaciones posteriores sobre el tratamiento de la EPOC.