Los efectos de origen parental han sido reconocidos y explotados durante mucho tiempo en la cría de plantas y estudios genéticos. Estos efectos pueden ser conferidos por la expresión preferencial de un alelo de un progenitor, efectos organulares o interacción organular-nuclear alterada. El objetivo de este trabajo fue evaluar los efectos de origen parental en rasgos de semilla, cotiledón y crecimiento temprano en pepino utilizando un dialélico completo de ocho por ocho al cruzar dos haploides dobles (DHs) extraídos de cada una de cuatro poblaciones de pepino. Se observaron efectos significativos de capacidad de combinación general (GCA), capacidad de combinación específica (SCA) y efectos recíprocos para todos los rasgos, y la dirección y magnitud de los efectos fueron específicos de DH en lugar de población. Los análisis del transcriptoma de híbridos recíprocos con y sin efectos recíprocos significativos para el crecimiento temprano de la planta revelaron que diferentes vías estaban asociadas con las diferencias recíprocas significativas. Estos hallazgos son consistentes con la naturaleza específica de DH de las capacidades de combinación y los efectos recíprocos en las poblaciones de pepino. Debido a que los efectos recíprocos eran específicos de DH y de combinación de híbridos, los criadores de pepino deberían generar y evaluar ambos híbridos a partir de cruces recíprocos para el desarrollo de híbridos mejorados.