Para investigar el papel de la modificación de metilación mA en el desarrollo y la capacidad de lactancia de las glándulas mamarias de cabras lecheras, se recolectaron muestras de tejido durante el período temprano (20 días posparto), el pico (90 días posparto) y el período tardío (210 días posparto). Se utilizó MeRIP-seq combinado con RNA-seq para explorar los eventos de modificación de metilación mA. Hubo 1638 picos diferenciales en los datos de MeRIP-seq, en 1539 genes metilados diferencialmente, que se enriquecieron en la vía de señalización de receptores tipo Toll, MAPK y otras vías relacionadas con el desarrollo de las glándulas mamarias y la lactancia. Un análisis conjunto de RNA-seq y MeRIP-seq reveló que, entre los 179 DEGs comunes identificados, 150 genes mostraron regulación negativa como resultado de las modificaciones mA. Cinco DEGs clave fueron consistentemente desregulados en ambos grupos. En resumen, la modificación mA involucra vías relacionadas con el desarrollo de las glándulas mamarias y la lactancia de maneras que son específicas de genes y contextos. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre los mecanismos de regulación fisiológica y epigenética del desarrollo de las glándulas mamarias y la lactancia en cabras lecheras.