Los humedales son sumideros de carbono significativos y hábitats importantes para la conservación de la biodiversidad. Particularmente en los turberas alpinas, el pastoreo y el pisoteo causan la degradación de los humedales, provocando cambios en las comunidades de plantas que aumentan la densidad aparente, la erosión del turba y los excesos de nutrientes. Tomamos dieciséis muestras de diatomeas epipélicas y epifíticas de charcas de humedales sometidas a diferentes grados de pastoreo en el Parque Natural Adamello-Brenta (Trento, Italia). Identificamos más de 100 especies de diatomeas (aproximadamente el 70% incluidas en categorías de amenaza de la Lista Roja). Utilizamos nMDS para identificar grupos de especies de diatomeas. Su significancia estadística fue verificada con un ANOSIM y, para identificar las especies que más contribuyeron a la diferencia entre los dos grupos, se llevó a cabo un procedimiento BEST-SIMPER. Los análisis multivariantes nos permitieron identificar diferencias significativas entre los sitios más y menos pastoreados, y seleccionar las especies que más contribuyeron a esta distinción. Confirmamos que algunas especies eran más frecuentes y abundantes en los sitios más pastoreados y se comportaban como oportunistas en presencia de un mayor aporte de nutrientes, en detrimento de especies raras y sensibles, que eran más numerosas y abundantes en los sitios menos pastoreados. Proporcionamos información útil sobre los efectos del pastoreo, subrayando la importancia de gestionar y proteger hábitats de valor ambiental único.