La inundación del suelo es un factor de estrés ambiental para los cultivos que puede afectar el rendimiento fisiológico y reducir el rendimiento. Los factores de estrés abióticos provocan cambios en la síntesis proteica, modificando los niveles de una serie de proteínas, especialmente las proteínas de choque térmico (HSP), que pueden ayudar a proteger a las plantas del estrés abiótico. El objetivo de este estudio fue verificar si plantas de tomate cv. Micro-Tom de diferentes genotipos con diferentes niveles de expresión de MT-sHSP23.6 (proteínas mitocondriales de choque térmico pequeñas) presentan diferentes respuestas fisiológicas a la inundación. Se cultivaron plantas de tres genotipos (sin transformar, con niveles de expresión sentido y antisentido de MT-sHSP23.6) en condiciones controladas. Después de 50 días, las plantas se inundaron durante 14 días. Tras este período, se permitió la recuperación de la mitad de las plantas de cada genotipo. Se evaluaron la fluorescencia de la clorofila, el intercambio gaseoso, el índice de clorofila, el área foliar y la materia seca. El estrés por inundación afectó la cadena de transporte de electrones fotosintéticos, lo cual está relacionado con la inactivación del complejo generador de oxígeno, la pérdida de conectividad entre las unidades del fotosistema II, la oxidación-reducción del conjunto de plastoquinonas y la actividad del fotosistema I. El genotipo con niveles de expresión de sentido de MT-sHSP23.6 fue menos sensible al estrés por inundación.