Una variedad de regímenes de entrenamiento acuático han demostrado ser beneficiosos para individuos con trastornos del espectro autista (TEA) en múltiples dominios. Este estudio investigó y comparó la eficacia de dos regímenes de entrenamiento acuático (técnico vs. basado en juegos) en habilidades motoras gruesas, comportamiento estereotípico y regulación emocional en niños con TEA. Veintidós niños autistas fueron asignados aleatoriamente a tres grupos: dos grupos experimentales realizaron un programa acuático técnico o un programa acuático basado en juegos y un grupo de control. Los participantes fueron evaluados antes y después de un período de entrenamiento de 8 semanas, utilizando la Prueba de Desarrollo Motor Grueso, la subescala de estereotipia de la Escala de Evaluación del Autismo de Gilliam y la Lista de Verificación de Regulación Emocional. Se encontró un efecto significativo por el tiempo en habilidades motoras gruesas y comportamiento estereotípico en ambos grupos experimentales. Se observó una mejora en las habilidades motoras gruesas en ambos grupos experimentales en comparación con el grupo de control. Se encontró un pequeño efecto de cambio pre-post en el funcionamiento emocional en todos los grupos. No se observaron diferencias significativas entre los grupos experimentales en todas las variables evaluadas. Nuestros hallazgos proporcionan evidencia adicional que sugiere la efectividad de los efectos beneficiosos de las actividades acuáticas en las habilidades motoras y sociales, lo que respalda la hipótesis de que los dominios motoras e intelectuales están altamente interrelacionados en niños autistas.