La aplicación química secuencial para irrigar un conducto radicular durante el desbridamiento quimio-mecánico puede afectar la microestructura de la dentina. Comprender los efectos de varios irrigantes sobre las propiedades químicas de la dentina puede esclarecer sus efectos sobre las propiedades físicas y, por lo tanto, explicar la mayor incidencia de fallos estructurales en dientes tratados endodónticamente. Esta investigación in vitro tuvo como objetivo comparar y evaluar los efectos de tres soluciones irrigantes diferentes sobre la estructura química de la dentina del conducto radicular en dientes humanos extraídos. Cuarenta y ocho dientes premolares mandibulares de raíz simple extraídos fueron seccionados en la unión cemento-esmalte mediante un disco de diamante y luego se asignaron aleatoriamente a cuatro grupos de doce muestras cada uno. Los grupos fueron irrigados utilizando NaOCl al 5.25%, aceite de oliva ozonizado, citrato de plata o agua destilada. Se obtuvieron secciones de dentina de 1.5 mm de la porción radicular y cada sección fue analizada utilizando espectroscopia infrarroja por transformada de Fourier (FTIR), microscopía electrónica de barrido (SEM) y espectroscopia de dispersión de electrones (EDS). Los valores de FTIR y EDS se informan como medias +/- desviaciones estándar. Los datos fueron analizados utilizando un ANOVA y una prueba post hoc de Bonferroni (< 0.05). Una comparación de los valores de FTIR y EDS entre los grupos utilizando ANOVA reveló diferencias estadísticamente significativas en los valores de picos orgánicos e inorgánicos entre los grupos. Una comparación entre grupos entre NaOCl con citrato de plata y aceite de oliva ozonizado reveló reducciones significativas en los valores de picos de carbonato y fosfato en el grupo de NaOCl (< 0.05). Los valores de EDS tabulados para los niveles de picos de carbono, oxígeno, fósforo y calcio mostraron diferencias significativas entre los grupos utilizando un ANOVA. Se realizó un análisis SEM a 1500x de magnificación, que reveló la eliminación de la capa de lodo en el grupo de citrato de plata. La solución de citrato de plata y el aceite de oliva ozonizado causaron menos cambios en los contenidos orgánicos y minerales de la dentina que el hipoclorito de sodio.