Los drones son una herramienta ecológica que se utiliza cada vez más en la investigación de tiburones en la última década. Debido a su cámara de alta resolución y sistemas GPS, se han utilizado para estimar el tamaño de los animales mediante fotogrametría basada en drones. Estudios anteriores han utilizado la altitud del dron para medir la precisión del tamaño de los objetos en la superficie; sin embargo, la profundidad del objetivo y su interacción con la altitud no han sido estudiadas. Utilizamos video del DJI Mavic 3 (3960 x 2160 píxeles) e imágenes (5280 x 3960 píxeles) para medir un vehículo submarino autónomo de tamaño conocido que se desplazaba a seis profundidades progresivamente mayores para evaluar cómo se ve afectada la precisión del tamaño desde un dron a altitudes de 10 m a 80 m. Las altitudes de los drones por debajo de 40 m y las profundidades de los objetivos por debajo de 2 m llevaron a una subestimación del tamaño del 76%. Proporcionamos evidencia de que tener en cuenta la altitud del dron y la profundidad del objetivo puede aumentar significativamente la precisión a una subestimación del 5% o menos. Los métodos descritos en este estudio se pueden utilizar para medir el tamaño de tiburones nadando libremente y sumergidos con una precisión que rivaliza con los métodos de medición manual.