En este estudio, se determinaron las concentraciones de metales y elementos traza (As, Cd, Co, Cr, Cu, Hg, Ni, Pb y Zn) en el tejido muscular de la boga adulta y el bream blanco en dos sitios diferentes de la sección de Belgrado del Danubio. Se identificaron veintiséis ácidos grasos, que consisten en nueve ácidos grasos saturados (AGS), siete ácidos grasos monoinsaturados (AGM) y diez ácidos grasos poliinsaturados (AGP). El análisis de la concentración de metales y elementos traza de la boga y el bream blanco mostró diferencias específicas de especie en su bioacumulación. Cuatro de todos los elementos analizados (As, Hg, Ni y Pb) correlacionaron significativamente con los cambios en los perfiles de AG en los peces de ambos sitios de muestreo, con la excepción de Cu, que correlacionó con el perfil de AG en el sitio anterior, y Zn, cuya concentración influyó en el perfil de AG en el sitio posterior a las descargas de aguas residuales. El menor contenido de AGP en los peces de un sitio bajo mayor presión ambiental podría indicar que los peces están estresados. Los resultados sugieren que los cambios en la composición lipídica pueden ser uno de los mecanismos de protección de las células para hacer frente a los estresores antropogénicos.