El uso de productos a base de microorganismos en prácticas agrícolas está ganando más interés como una alternativa a los métodos químicos debido a sus propiedades bactericidas y fungicidas no tóxicas. Varios factores influyen en la eficacia de los microorganismos utilizados como agentes de control biológico en condiciones de campo en comparación con las condiciones de laboratorio debido a aspectos ecológicos y fisiológicos. Se ha demostrado que los factores abióticos desencadenan variaciones de fase en los microorganismos bacterianos como un mecanismo para adaptarse a entornos hostiles. En este estudio, investigamos la estabilidad del morfotipo y los efectos de la variación fenotípica en las propiedades biológicas de la cepa PS17. PS17 generó dos variantes (opacas y translúcidas) que recibieron los nombres de morfotipo I y II, respectivamente. La secuencia parcial del gen 16S rRNA reveló que ambos morfotipos pertenecían a . La huella dactilar PCR BOX y ERIC también mostró los mismos perfiles de ADN en ambos morfotipos. Las características del morfotipo I no diferían de la cepa original, mientras que el morfotipo II mostró una menor actividad enzimática hidrolítica, producción de fitohormonas y capacidad antagónica contra hongos fitopatógenos. Ambos morfotipos demostraron capacidad endofítica en plantas de tomate. Se observó una baja tasa de crecimiento de la cepa PS17(II) en un medio mínimo en comparación con la cepa PS17(I). Además, la capacidad de biocontrol de PS17(II) no fue efectiva en la supresión de la enfermedad de la pudrición de raíces en las plantas de tomate causada por f. sp. cepa ZUM2407, en comparación con PS17(I), cuya inhibición fue casi del 47.9 +/- 1.03% efectiva.