Las presas representan una amenaza importante para la diversidad biológica acuática. Al alterar el caudal natural de los ríos, modifican los hábitats fluviales, haciéndolos inadecuados para el crecimiento y la reproducción de numerosas especies acuáticas. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos de un tramo de caudal reducido (RFR) en las comunidades de macroinvertebrados bentónicos. Se recolectaron macroinvertebrados bentónicos en seis sitios aguas abajo de la Central Térmica Amador Aguiar I antes (fase lótica) y después (fase semiléntica). El caudal medio del río Araguari se redujo de 346 a 7 m³/s. No se observaron cambios en la riqueza, diversidad ni biomasa total de macroinvertebrados. Las densidades de Ablabesmyia, Tanytarsus (Quironomidae, Díptera), Leptoceridae y Polycentropodidae (Trichoptera) aumentaron significativamente el primer año después de la reducción del caudal y la construcción de aliviaderos (prueba t; p < 0,05). Un análisis de similitud (ANOSIM) mostró diferencias estadísticas en la composición taxonómica, a pesar de la considerable superposición de comunidades entre las fases lótica y semiléntica (R = 0,3; p < 0,01). En ambas fases, los macroinvertebrados se caracterizaron por el predominio de grupos tolerantes a la perturbación humana (p. ej., quironómidos, ceratopogónidos y oligoquetos) y por la presencia de la especie exótica de bivalvos Corbicula fluminea (veneróidos), lo que sugiere que el río ya estaba degradado antes de las modificaciones hidráulicas. Desde la década de 1980, el río Araguari ha estado sometido continuamente a presiones humanas (p. ej., presas en cascada, urbanización y sustitución de vegetación nativa por pastos y cultivos). Estas actividades han provocado el empobrecimiento de las comunidades biológicas y, en consecuencia, han alterado el ecosistema.