La fauna íctica del río Sinos ha estado sometida a una grave contaminación desde la década de 1970. Los vertidos continuos de aguas residuales industriales y municipales provocan hipoxia y, a menudo, incluso la muerte de peces. Los objetivos del presente estudio son evaluar los efectos a largo plazo de la contaminación en la comunidad íctica durante un período de aproximadamente diez años e investigar la recuperación de la fauna íctica tras una mortandad masiva de peces en 2006. Para evaluar los impactos a largo plazo, se realizó un muestreo estacional entre septiembre de 2007 y marzo de 2009 en cuatro sitios que se investigaron en 1998/99 con la misma metodología. Los efectos de la mortandad de peces se investigaron comparando la fauna presente en el tramo fluvial afectado con la fauna de un tramo fluvial adyacente no afectado. La riqueza de las propiedades comunitarias colectivas y la diversidad de Shannon cambiaron durante el intervalo de diez años siguiendo un patrón consistente. La riqueza y la diversidad de Shannon aumentaron significativamente en todos los sitios; sin embargo, los valores de abundancia no lo hicieron. El análisis de la constancia de las especies y el análisis de conglomerados mostraron que las diferencias entre los estudios de 1998/99 y 2007/09 fueron relativamente pequeñas. La comparación de los tramos afectados por la mortandad de peces de 2006 mostró una rápida recuperación en un año. Probablemente, la ictiofauna del río Sinos sufrió los impactos más graves en la década de 1970 del siglo pasado, lo cual no pudo documentarse en este estudio. Tras un declive inicial, la comunidad muestra patrones relativamente estables con tendencia a la recuperación. Tras una mortandad severa de peces, la recuperación de la fauna fue rápida, probablemente favorecida por la proximidad de fuentes no contaminadas y la integridad del hábitat físico del río Sinos.