La microbiota intestinal juega un papel crucial en los procesos metabólicos del hospedador. Muchos estudios han mostrado cambios significativos en la microbiota intestinal de los mamíferos durante la hibernación para adaptarse a los cambios en el entorno externo, pero hay una investigación limitada sobre el tejido epitelial colónico y la microbiota intestinal de las ardillas listadas salvajes durante la hibernación. Este estudio analizó la diversidad, composición y función de la microbiota intestinal de la ardilla listada salvaje durante la hibernación utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento del gen 16S rRNA, y además realizó un análisis histológico del colon. El análisis histológico del colon mostró un aumento en las células caliciformes en el grupo de hibernación, lo que fue un cambio adaptativo al ayuno prolongado durante la hibernación. Los filos microbianos intestinales dominantes fueron Bacteroidetes, Firmicutes y Proteobacteria, y la abundancia relativa de estos cambió significativamente. El análisis de las diferencias estructurales de la microbiota intestinal indicó que la abundancia relativa de aumentó significativamente, mientras que, , y otras especies disminuyeron significativamente a nivel de especie. El análisis de diversidad alfa mostró que la hibernación aumentó la diversidad y riqueza de la microbiota intestinal. El análisis de diversidad beta reveló diferencias significativas en la diversidad de la microbiota intestinal entre el grupo de hibernación y el grupo de control. El análisis de predicción funcional PICRUSt2 de la microbiota intestinal mostró que 15 vías, como el metabolismo de lípidos, la biodegradación y metabolismo de xenobióticos, el metabolismo de aminoácidos, la adaptación ambiental y las enfermedades neurodegenerativas, estaban significativamente enriquecidas en el grupo de hibernación, mientras que 12 vías, incluyendo el metabolismo de carbohidratos, la replicación y reparación, la traducción y la transcripción, estaban significativamente enriquecidas en el grupo de control. Se puede ver que durante la hibernación, la microbiota intestinal de la ardilla listada salvaje cambia hacia taxones que son beneficiosos para reducir el consumo de carbohidratos, aumentar el consumo de grasas y adaptarse más fuertemente a los cambios ambientales con el fin de proporcionar mejor energía para el cuerpo y asegurar actividades vitales normales durante la hibernación.