La arritmia cardíaca es causada por una conducción eléctrica anormal a través del miocardio, que en algunos casos, puede tratarse con calor. Uno de los desafíos es reducir los picos de temperatura, garantizando aún un tratamiento eficiente donde se desee, para evitar cualquier daño en tejido sano o problemas eléctricos en el dispositivo utilizado. Una solución podría ser emplear calor pulsado, en el que se suministra una dosis térmica al tejido con una variación en el tiempo. En este trabajo, se utiliza calor pulsado para modular los campos de temperatura inducidos durante la ablación cardíaca por radiofrecuencia. Se desarrolla un modelo tridimensional del miocardio, catéter y flujo sanguíneo. Se emplean respectivamente medios porosos, conducción de calor y ecuaciones de Navier-Stokes para cada uno de los dominios investigados. Para el campo eléctrico, resuelto mediante la ecuación de Laplace, se asume que el electrodo está a un voltaje fijo. Se consideran efectos de calentamiento pulsado con una función pulsatil coseno-variable en el tiempo para el voltaje fijo al restringir el producto entre esta variable y el tiempo. Se consideran y aplican diferentes frecuencias adimensionales para diferentes velocidades de flujo sanguíneo y voltajes sostenidos. Se presentan resultados para diferentes condiciones pulsadas para establecer si se puede obtener una zona de ablación razonable, conocida a partir de los perfiles de temperatura obtenidos, sin ningún pico de temperatura no deseado.