El sistema de cosecha mecánica de caña de azúcar (Saccharum spp. L.) deja una gran cantidad de paja en la superficie del suelo. La paja puede afectar las condiciones del suelo, el rebrote de raíces y el rendimiento de la caña de azúcar. Por lo tanto, este estudio evaluó la respuesta del crecimiento del sistema de raíces de la caña de azúcar y el rendimiento del tallo a diferentes tasas de eliminación de paja. Se realizó un experimento en un Kandiudox Ródico con textura de arcilla limosa para probar el impacto de cuatro tasas de eliminación de paja: sin eliminación (18.9 Mg ha de masa seca); eliminación moderada (8.7 Mg ha); eliminación alta (4.2 Mg ha) y eliminación total en el sistema de raíces de la caña de azúcar y el rendimiento del tallo. Se encontraron concentraciones más altas de raíces (60%) en los primeros 40 cm de suelo. La eliminación moderada de paja resultó en una mayor masa de raíces (3.6 Mg ha) y producción de tallos (23 Mg ha de masa seca). Sin embargo, la falta de eliminación de paja redujo la masa de raíces en un 20% (105 Mg ha). A través del análisis de regresión, se estimó que retener entre 8.5 y 13 Mg ha de paja resultó en la mayor masa de raíces y rendimiento de tallos. Manejar la eliminación de paja para retener una cantidad moderada permite a los productores mantener condiciones de suelo adecuadas para el crecimiento de raíces de la caña de azúcar y la producción de tallos al mismo tiempo que proporciona paja para uso industrial.