Las llanuras aluviales brasileñas han sufrido grandes cambios en sus características naturales en las últimas décadas, principalmente en el pulso de inundaciones. La llanura aluvial del Alto Paraná es uno de los pocos lugares donde se encuentran áreas remanentes con características tan peculiares que reflejan su alta biodiversidad. Las ninfas de efemerópteros constituyen uno de los grupos con mayor densidad en la comunidad bentónica, presente en numerosos cuerpos de agua, como grandes ríos y canales secundarios. Buscamos comprender qué factores son necesarios para el establecimiento de especies y la importancia de su colonización, especialmente en ambientes con cambios antropogénicos. Las áreas marginales, más estructuradas con presencia de macrófitos, mostraron la mayor densidad y riqueza, incluso en el río Paraná, que presenta un gran impacto humano. Verificamos la dominancia de Americabaetis alphus, Tricorythopsis araponga y Tricorythopsis artigas en el río Paraná, correlacionada con la transparencia, la profundidad y la conductividad eléctrica, mientras que la dominancia de Traverella sp. Se correlacionó con la temperatura del agua, especialmente en zonas marginales. En consecuencia, el aumento de la transparencia y la conductividad eléctrica debido a la presa Porto Primavera en el río Paraná puede favorecer a estas especies de efemerópteros. Demostramos la importancia de preservar los humedales del Parque Estatal del Río Ivinhema, principalmente para Guajirolus sp., que solo se registró en esta región. Por lo tanto, nuestro estudio respalda la comprensión de las lagunas existentes en estudios previos que utilizaron sustratos artificiales en tres grandes ríos de gran importancia para la llanura de inundación superior del río Paraná.