Este estudio investigó los efectos de la digestión gastrointestinal simulada (GID) in vitro en las infusiones de Genepì de los Apeninos, tanto silvestres como micropropagadas. Se compararon las infusiones silvestres y micropropagadas por su actividad antioxidante, contenido fenólico y perfiles polifenólicos antes y después de la GID. Antes de la digestión, las infusiones silvestres tenían mayores cantidades de compuestos fenólicos y actividad antioxidante que las micropropagadas. En cambio, después de la digestión, las diferencias en el contenido fenólico total (TPC) y la actividad antioxidante entre las infusiones silvestres y micropropagadas fueron menos pronunciadas. Los cambios en el TPC y los perfiles fenólicos revelaron la presencia de varias transformaciones químicas y reorganizaciones que resultaron en compuestos con diferente reactividad y potencial antioxidante. Sin la acción de las enzimas, la digestión de la infusión silvestre sufre mayores modificaciones que las obtenidas de las micropropagadas. El presente estudio ofrece la primera prueba concreta del impacto de la GID en los compuestos polifenólicos presentes en las infusiones de Genepì silvestre y micropropagado y sus propiedades antioxidantes. Nuestros hallazgos son esenciales para futuros análisis en profundidad de las infusiones de Genepì de los Apeninos y sus posibles impactos en la salud humana.