De acuerdo con la escasez mundial de fertilizantes de nitrógeno (N), los endófitos diazotróficos han recibido una atención creciente como biofertilizantes. En este estudio, investigamos los efectos de la inoculación de un endófito diazotrófico (especie AT1) en tres cultivares diferentes de boniato (cvs. Beniazuma, Ayamurasaki y Kokei No. 14) en macetas, contenedores y diferentes condiciones de campo. Tras la inoculación, la longitud de la raíz aumentó en los cvs. Beniazuma y Ayamurasaki, pero se suprimió en el cv. Kokei No. 14 en macetas llenas de una mezcla de vermiculita, tierra para macetas y perlita. La inoculación con AT1 también aumentó el crecimiento de brotes en el cv. Beniazuma y la formación de tubérculos en el cv. Ayamurasaki en contenedores llenos de vermiculita, tierra para macetas y Andosol de color claro. En los experimentos de campo, realizados en dos sitios con los tres cultivares, la inoculación con AT1 aumentó el crecimiento de los cvs. Beniazuma y Ayamurasaki, pero tuvo casi ningún efecto en el cv. Kokei No. 14. Además de la promoción del crecimiento, la inoculación de boniato cv. Beniazuma micropropagado con AT1 resultó en nitrógeno derivado del aire (Ndfa) y actividad de reducción de acetileno (ARA) cinco meses después de la inoculación. Nuestros estudios indican que la inoculación con AT1 puede mejorar el crecimiento del boniato y promover la fijación de N.