Se ha observado un cambio ecológico creciente de arrecifes dominados por corales a arrecifes dominados por macroalgas como resultado de impactos antropogénicos, como la eutrofización, la sedimentación y la sobrepesca, en muchos sistemas de arrecifes alrededor del mundo. El calentamiento de los océanos es una amenaza universal tanto para los corales como para las macroalgas, lo que puede alterar el resultado de la competencia entre ellos. Por lo tanto, para explorar los efectos de la exposición indirecta y directa a las macroalgas sobre la expresión fisiológica, bioquímica y genética de los corales a temperaturas elevadas, se eligieron el coral y las algas verdes altamente invasivas. Fisiológicamente, los resultados mostraron que, entre los tratamientos de control y contacto directo, la densidad y el contenido de clorofila a de la zooxantela disminuyeron en un 53.1% y un 71.2%, respectivamente, cuando el coral tuvo contacto indirecto con las algas a una temperatura ambiente (27 grados C). Además, las actividades enzimáticas de la superóxido dismutasa (SOD) y la catalasa (CAT) en el tejido del coral se vieron aumentadas al interactuar con las algas. Después de un aumento de 3 grados C, la densidad y el contenido de clorofila a de la zooxantela se redujeron en un 84.4% y un 93.8%, respectivamente, mientras que las actividades enzimáticas de SOD y CAT aumentaron 2.3 y 3.1 veces. Sin embargo, solo la densidad de zooxantelas y el contenido de pigmento disminuyeron cuando se cultivó en conjunto a 30 grados C. A nivel molecular, a diferencia del grupo de control, los genes expresados diferencialmente (DEGs) como la familia Rab, la familia ATG y los genes Casp7 se enriquecieron significativamente en las vías de endocitosis, autofagia y apoptosis, independientemente de si se expusieron directa o indirectamente a 27 grados C. Bajo estrés térmico sin interacción con algas, los DEGs se enriquecieron significativamente en las vías de transducción de señales inmunitarias microbianas, como la vía de señalización del receptor tipo Toll y la vía de señalización de TNF, mientras que múltiples genes de inmunidad celular (IFI47, familia TRAF) y estrés oxidativo (CAT, SODC, HSP70) se regularon al alza. Inversamente, en comparación con los corales sin interacción con algas a 30 grados C, los DEGs de los corales que interactuaron a 30 grados C se enriquecieron notablemente en apoptosis y la vía de señalización del receptor tipo NOD, incluidos los factores de transcripción como la familia Casp y la familia TRAF. En conclusión, la densidad y el contenido de clorofila a de la zooxantela mantuvieron una tendencia decreciente inducida por las macroalgas a temperaturas ambiente. Los niveles de estrés oxidativo y respuesta inmune del coral se elevaron a 30 grados C, pero las macroalgas aliviaron los efectos negativos provocados por el estrés térmico.