El fertilizante nitrogenado aumenta los rendimientos agrícolas, pero también incrementa los costos económicos y causa una serie de problemas ambientales. Los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) tienen el potencial de ser utilizados como fertilizante biológico. Sin embargo, la influencia de la forma de nitrógeno en la respuesta del crecimiento de las plantas a la inoculación con HMA se comprende poco. En este estudio, investigamos los efectos sobre el crecimiento, la morfología de las raíces y las características fotosintéticas de las plantas bajo diferentes formas de nitrógeno durante tres períodos de cosecha y aclaramos la forma de nitrógeno más adecuada para la simbiosis HMA-planta. Los resultados mostraron que el nitrógeno en forma de urea, amonio y nitrato promovió el crecimiento de las plantas y la capacidad fotosintética, siendo el tratamiento con urea el que tuvo el valor más alto en las tres cosechas. No se observó una diferencia significativa en los parámetros de crecimiento de las plantas entre los tratamientos de nitrógeno amoniacal y nitrato en las dos primeras cosechas, mientras que la altura de las plantas fue significativamente menor bajo el tratamiento de nitrógeno amoniacal que bajo el tratamiento de nitrato en la tercera cosecha. La inoculación con HMA en presencia de HMA indígenas podría promover la colonización de HMA y el crecimiento de las plantas en los tres momentos de cosecha. La inoculación con HMA aumentó significativamente los parámetros de intercambio de gases, la eficiencia fotocanónica máxima (Fv/Fm) y la eficiencia fotocanónica real (PSII). La inoculación con HMA aumentó mejor el coeficiente de atenuación fotocanónica (qP) bajo el tratamiento con urea y mejoró el coeficiente de atenuación no fotocanónica (qN) bajo el tratamiento de nitrógeno amoniacal. El análisis de componentes principales mostró que la urea es el fertilizante nitrogenado más beneficioso para la simbiosis HMA-planta. Los resultados de este estudio proporcionan una base teórica para el uso combinado de HMA y fertilizante nitrogenado en agroforestería.