El papel de los costos de transporte agrícola en las estructuras de núcleo-periferia ha sido habitualmente ignorado en los modelos de Nueva Geografía Económica (NGE). Esto se debe a la convención de tratar el bien agrícola como el numerario, lo que implica que se asume que los costos de transporte agrícola son cero en estos modelos. Durante más de tres décadas, esta ha sido la configuración estándar en el análisis de equilibrio espacial. Este artículo examina los efectos de los costos de transporte agrícola en la organización espacial de las estructuras regionales en Perú. Al hacerlo, se modifica la formulación de Krugman sobre los costos de transporte iceberg para introducir los costos de transporte agrícola en la dinámica de los modelos de NGE. Utilizamos métodos de análisis de datos de flujo espacial exploratorio y modelos de flujo de origen-destino no espaciales y espaciales para explorar cómo cambia la estructura espacial regional cuando se incluyen datos de transporte reales para bienes agrícolas en la formulación de costos de transporte iceberg. Mostramos que los costos de transporte agrícola generan flujos que están sistemáticamente asociados con flujos hacia o desde regiones cercanas, generando así la aparición de efectos de derrame espacial entre las regiones peruanas. Los resultados del artículo apoyan la afirmación de que los modelos de NGE han eclipsado el papel de los costos de transporte agrícola en la determinación de la configuración espacial de las actividades económicas.