Este estudio evaluó los cambios en la comunidad de rotíferos y microcrustáceos asociados con la construcción de un gran embalse dendrítico en el río Iguaçu (Brasil), como último embalse de una secuencia de cinco sistemas en cascada. Se observaron diferencias claras entre las fases previa y posterior al llenado en cuanto a los organismos y algunas variables ambientales. En la fase previa al llenado,? la comunidad era más homogénea a lo largo del gradiente descendente del río, y la compartimentación espacial en el nuevo embalse era común durante la fase posterior al llenado. De los 140 taxones identificados, 10 especies se encontraron exclusivamente en la fase previa al llenado y 32 en la fase posterior al llenado. Tras completar el quinto llenado del embalse, las especies oportunistas, pioneras y de rápido desarrollo dominaron rápidamente, y aguas abajo del cuarto embalse desapareció el gradiente descendente previo al llenado de riqueza, diversidad y uniformidad. La riqueza de rotíferos y cladóceros, la diversidad de cladóceros y la uniformidad de rotíferos, cladóceros y copépodos fueron en general mayores en la fase posterior al llenado. Un análisis multidimensional no métrico basado en una matriz de presencia/ausencia describió un grupo homogéneo y denso de especies asociadas a la fase previa al llenado y un segundo grupo disperso relacionado con la fase posterior al llenado. Las correlaciones de Spearman señalaron efectos positivos significativos de la transparencia en la riqueza de especies de rotíferos en la fase posterior al llenado, y efectos negativos en la riqueza de microcrustáceos en la fase previa al llenado.