Los recientes cambios ambientales en la región mediterránea, atribuibles al cambio climático antropogénico, presentan un desafío sustancial para la evaluación adaptativa de cultivos y el desarrollo de nuevas estrategias de mejora. En este estudio, establecimos un protocolo de cultivo hidropónico de tomate bajo condiciones in vitro para analizar el perfil transcriptómico de plántulas expuestas a estrés por salinidad. El estudio también examinó el impacto de Atlanticell Micomix, un estimulante biológico derivado de una mezcla de microorganismos micorrízicos y rizobacterias, en el crecimiento y desarrollo de las plantas bajo condiciones estándar y en respuesta a salinidad moderada. Nuestro análisis transcriptómico indicó un efecto diferencial de la inoculación del biostimulante en comparación con el efecto inducido por el estrés por salinidad, involucrando genes como o , que están asociados con la respuesta de defensa de la planta a condiciones adversas. Además, se propuso la presencia de un módulo de regulación cruzada entre el ácido jasmonico y la auxina, involucrando posibles ortólogos de y . La aplicación del biostimulante demostró un efecto potencial de preparación en las plántulas de tomate, que podría ser útil para revertir los efectos transcriptómicos causados por el estrés salino. Un análisis integral de las vías afectadas diferencialmente por los tratamientos facilita una mayor investigación sobre los mecanismos subyacentes a estos efectos.