Las poblaciones naturales del cangrejo araña constituyen un recurso pesquero de gran importancia económica en muchos países. Al igual que en el resto de los eubráquiros, las hembras de esta especie tienen receptáculos seminales de tipo ventral donde almacenan esperma de las copulaciones. El esperma puede almacenarse en estas estructuras durante meses e incluso años antes de la fertilización del huevo, con la consiguiente degradación de las células espermáticas durante ese tiempo. En este trabajo, analizamos la viabilidad y el posible daño genético en el esperma acumulado en los receptáculos seminales de las hembras en función del tiempo de almacenamiento (de 0 a 14 meses) utilizando la técnica del ensayo de cometas. Por un lado, desarrollamos un algoritmo para el análisis de imágenes de cometas que mejora la segmentación de cometas en comparación con el software gratuito Open comet v1.3.1 (97% frente a 76% de detección). Además, nuestro software permite la modificación manual de los contornos mal delimitados a través de la herramienta automática. Por otro lado, nuestros datos muestran un marcado descenso en la viabilidad del esperma y la integridad del ADN en los primeros cuatro meses de almacenamiento, lo que podría llevar a una disminución en la tasa de fecundidad y/o viabilidad de los embriones o larvas de las segundas y terceras puestas del ciclo anual si la capacidad de reparación en estas células gaméticas es baja.