La sostenibilidad de la agricultura requiere la adopción de prácticas de conservación del suelo agrícola con impactos positivos en la calidad del suelo, que pueden promover una microbiota del suelo beneficiosa como los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) y su diversidad. Este estudio tiene como objetivo evaluar la influencia de la presencia de micelio extraradical intacto como fuente preferencial de inóculo de los HMA nativos para garantizar una mejor colonización, así como su posible efecto bioprotector. Para variar el micelio extraradical disponible, se llevaron a cabo dos experimentos, con y sin cultivo de cobertura, en los que se estudiaron dos sistemas de labranza y dos variedades de maíz. La capitalización de los beneficios, en términos de producción de grano y presencia, asociados al cultivo de cobertura solo se logró con labranza mínima. Por lo tanto, ambas prácticas culturales son necesarias para reducir la presencia de hongos, acoplando el efecto de la micorrización junto con otros beneficios asociados con el cultivo de cobertura. Aunque en ausencia de un cultivo de cobertura y utilizando labranza convencional, se pueden lograr rendimientos y niveles más bajos, este sistema es más dependiente de la variedad utilizada, no se beneficia de las ventajas asociadas con el cultivo de cobertura, es más costoso y ambientalmente insostenible.