El humato de sodio (SH) es la sal sódica del ácido húmico. Nuestra investigación anterior ha demostrado que el SH tiene la capacidad de aumentar los niveles de flavonoides totales en varias partes de los limones, incluyendo las hojas, cáscaras, pulpas y semillas, mejorando así la calidad de los limones. En el estudio actual, se examinó el efecto regulador del SH sobre la biosíntesis y el contenido de compuestos flavonoides en los limones utilizando tecnología de secuenciación de transcriptomas y análisis metabolómico de flavonoides. Tras el tratamiento con SH, el análisis de secuenciación de transcriptomas reveló 320 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre las muestras tratadas con SH y las muestras de control (CK), algunos de los cuales estaban asociados con la vía de la fenilalanina según el análisis de anotación de KEGG. Se observó un aumento en los niveles de siete compuestos flavonoides identificados en las cáscaras de limón, y se identificaron la eriocitrina y la isoorientina como metabolitos diferenciales (DMs, VIP > 1) utilizando el análisis OPLS-DA. El análisis integrado de transcriptómica y metabolómica de flavonoides indica que el tratamiento con SH induce alteraciones en la expresión génica y los niveles de metabolitos relacionados con la síntesis de flavonoides. Específicamente, el SH influye en la biosíntesis de flavonoides al modular la actividad de enzimas clave en la vía de la fenilalanina, incluyendo HCT (O-hidroxicinamoyltransferasa) y F5H (ferulato-5-hidroxilasa).