Los microorganismos del suelo desempeñan un papel importante en los ecosistemas agrícolas, pero su respuesta a la aplicación de fertilizantes orgánicos no ha sido completamente elucidada. Así, se utilizó secuenciación de alto rendimiento para investigar las respuestas de las bacterias del suelo a la enmienda de fertilizante orgánico (compostado de estiércol de cerdo) en el campo durante todo el ciclo de crecimiento de las plantas de maíz. Se estudiaron cuatro tratamientos: tratamiento con aplicación de 2 kg·m-2 de fertilizante orgánico (OF_2), tratamiento con aplicación de 4 kg·m-2 de fertilizante orgánico (OF_4), tratamiento con aplicación de 6 kg·m-2 de fertilizante orgánico (OF_6) y un tratamiento control (CK) sin fertilización. Los resultados revelaron que la riqueza bacteriana en OF_2 fue significativamente menor que la de CK (p < 0.05). Las bacterias de eutrofización del suelo Bacteroidetes aumentaron efectivamente en todos los suelos fertilizados, la abundancia relativa en OF_2, OF_4 y OF_6 durante todo el ciclo de crecimiento del maíz fue un 68.00%, 71.40% y 77.93% más alta que en CK, respectivamente. Además, las nitrobacterias del suelo (Nitrospirae, Nitrospira) se redujeron notablemente (p < 0.05) con la cantidad de fertilización. La abundancia relativa del género fijador de nitrógeno Adhaeribacter en OF_6 fue un 209.28%, 72.8% y 35.66% más alta que en CK, OF_2 y OF_4 en la etapa de madurez. El género patógeno Flavolibacterium aumentó significativamente (p < 0.05) en el suelo fertilizado en la etapa de siembra. El factor determinante que rige las variaciones de la comunidad bacteriana en CK, OF_2, OF_4 y OF_6 fueron el valor de pH, el fósforo disponible, el fósforo disponible y el cromo, respectivamente. Los hallazgos destacan que parte de la población de bacterias funcionales o patógenas del suelo fue susceptible a la aplicación de fertilizantes orgánicos; y el factor determinante del cambio en la composición bacteriana estaba asociado con la tasa de fertilización. Se necesitan más experimentos específicos para mejorar la comprensión de las bacterias funcionales y el efecto sinérgico de las propiedades físico-químicas del suelo sobre las bacterias del suelo.