Este estudio tuvo como objetivo comprender el efecto del desafío en la microbiota cecal y la concentración de ácidos grasos de cadena corta (AGCC) para formar una mejor comprensión de la interacción huésped-patógeno. Sesenta pollos de engorde fueron asignados aleatoriamente a dos tratamientos: control y desafío. Cada tratamiento se replicó en seis jaulas con cinco aves por jaula. En el día 21, las aves del grupo de desafío fueron gavadas oralmente con 1 x 10 mL, mientras que el grupo de control fue desafiado de manera simulada con PBS. El desafío no tuvo efecto en el peso corporal, la ingesta de alimento y la relación de conversión alimenticia en comparación con el grupo de control. En el día 28, el desafío disminuyó las características observadas y el índice de Shannon en comparación con el grupo de control. A nivel de especies, el desafío disminuyó (p = 0.02) la abundancia relativa en el día 28 y aumentó (p = 0.04) la abundancia relativa en el día 35 en comparación con el grupo de control. El desafío no cambió la función microbiana ni las concentraciones cecales de AGCC en los días 28 y 35 en comparación con el grupo de control. En conclusión, podría alterar la composición y diversidad de la microbiota intestinal sin comprometer significativamente el crecimiento de los pollos de engorde.