La utilización prolongada de fungicidas que contienen cobre (Cu) resulta en la acumulación de Cu y afecta la salud ecológica del suelo. Así, se llevó a cabo un experimento en macetas utilizando la cv. Shatangju con cinco niveles de Cu (38, 108, 178, 318 y 388 mg kg) para evaluar los impactos en los procesos microbianos del suelo, las propiedades químicas y el crecimiento de los cítricos. Estos resultados revelaron que, a medida que aumentaban los niveles de Cu en el suelo, el Cu total del suelo (TCu), el Cu disponible (ACu), la materia orgánica (SOM), el potasio disponible (AK) y el pH aumentaban, mientras que el fósforo disponible (AP) y el nitrógeno hidrolizable alcalino (AN) disminuían. Además, las actividades enzimáticas extracelulares del suelo relacionadas con el metabolismo de C y P disminuyeron, mientras que las enzimas relacionadas con el metabolismo de N aumentaron, y la expresión de los genes del suelo involucrados en el ciclo de C, N y P fue regulada. Asimismo, se observó que microorganismos tolerantes (por ejemplo, , , , , , y ) se enriquecieron, pero los taxones sensibles () fueron suprimidos en la rizosfera de los cítricos. La biomasa de los cítricos estaba principalmente correlacionada positivamente con el AN y el AP del suelo; el N y el P de la planta estaban principalmente correlacionados positivamente con el AP, el AN y la fosfatasa ácida (ACP); y el K de la planta estaba principalmente relacionado negativamente con la beta-glucosidasa del suelo (betaG) y positivamente con el índice de Shannon de hongos del suelo. Los taxones bacterianos dominantes presentaron correlaciones positivas con la biomasa de la planta y con el N, P y K de la planta, y una correlación negativa con el Cu de la planta. El taxón fúngico dominante estaba relacionado positivamente con el Cu de la planta, pero negativamente con la biomasa de la planta y con el N, P y K de la planta. Notablemente, los hongos micorrízicos arbusculares () estaban relacionados positivamente con el P de la planta por debajo de 108 mg kg de Cu en el suelo, y los hongos patógenos () estaban correlacionados negativamente con el K de la planta por encima de 178 mg kg de Cu en el suelo. Estos hallazgos proporcionaron una nueva perspectiva sobre los microbios del suelo y las propiedades químicas, así como sobre el desarrollo saludable de la industria cítrica ante el aumento de los niveles de Cu en el suelo.