La acuicultura intensiva está asociada con un alto nivel de estrés, lo que causa inmunosupresión. Los inmunomoduladores de origen natural, como los probióticos o los fitoaditivos, representan una alternativa prometedora para aumentar la función inmune de los peces. En este estudio, probamos la cepa probiótica autóctona de trucha R2 en una forma de aplicación de bajo costo recién desarrollada que asegura la rápida revitalización de las bacterias. Probamos regímenes de alimentación continuos y cíclicos en relación con su efecto sobre la respuesta inmune intestinal y la microbiota de la trucha arcoíris. Encontramos que durante la aplicación continua del alimento probiótico, el sistema inmunológico se adapta al inmunomodulador y no hay una estimulación sustancial de la respuesta inmune intestinal. Durante el tratamiento cíclico, después de un descanso de 3 semanas en la alimentación probiótica y la reintroducción de probióticos, hubo una estimulación significativa de la expresión génica de moléculas asociadas tanto con la inmunidad celular como humoral (CD8, TGF-beta, IL8, TLR9), sin afectar la expresión génica de IL1 y TNF-alfa. Podemos concluir que, en acuicultura, este alimento probiótico se puede utilizar con una aplicación continua, que no causa una inmunoestimulación excesiva, o con una aplicación cíclica, que brinda la oportunidad de estimular la inmunidad de las truchas, por ejemplo, en períodos de estrés.