El cultivo de raíces tuberosas, yacon, es nativo de la región andina y contiene altas cantidades de fructooligosacáridos (FOS) con hasta un 70% de materia seca. Debido a los FOS, el consumo de tubérculos puede tener efectos beneficiosos para la salud. Sin embargo, en cuanto al sistema de cultivo en general, no existen recomendaciones para los agricultores sobre la fertilización con nitrógeno y la absorción de nitrógeno (N) del yacon. Por lo tanto, se examinaron tres niveles diferentes de fertilización con N (0, 40 y 80 kg N ha) y dos genotipos (cáscara marrón (BG) y cáscara roja (RG)) en un experimento de campo de dos años en relación con su rendimiento de tubérculos, composición de azúcares y absorción de nitrógeno. Los rendimientos de tubérculos aumentaron con el nivel de fertilización creciente y fueron más altos para B80 y R80 (50 y 67 t FM ha), mientras que existían diferencias significativas entre los genotipos. Los azúcares y la cantidad de FOS disminuyeron ligeramente con el nivel de fertilización de N creciente, y oscilaron entre el 36% y el 73% y el 30% y el 58% de materia seca, respectivamente. Una disminución general de la cantidad de FOS llevó a un ligero aumento en la cantidad de FOS con un mayor grado de polimerización. En cuanto a la eficiencia de uso de N de los tubérculos y la planta total, un nivel de fertilización con N de 40 kg N ha parece favorecer el rendimiento de tubérculos.