Examinar la estructura del microbioma del suelo tiene una gran importancia en cuanto a explorar el mecanismo detrás de los cambios en el crecimiento de las plantas debido a la rotación de cultivos de maíz (L.) y soja (Merr.). Este estudio exploró los efectos de la estructura de la comunidad microbiana del suelo después de la rotación de cultivos de soja y maíz mediante el diseño de nueve tratamientos que combinaban tres rotaciones de cultivos (cultivo continuo de maíz o soja; y maíz después de soja) con tres tratamientos de fertilidad (fertilizante compuesto orgánico, fertilizante químico o sin fertilizante). El suelo se muestreó a una profundidad de 30 cm en el segundo año, aproximadamente a la mitad de la temporada de crecimiento, y se analizó para perfiles físicos, químicos y de ácidos grasos de fosfolípidos (PLFA). Se encontró que las bacterias eran el componente predominante de los microorganismos del suelo, que principalmente contenían los PLFAs 16:0. La rotación de cultivos con la aplicación de fertilizante compuesto orgánico redujo el porcentaje de hongos en el suelo en un 24% en comparación con el maíz y soja continuos con la misma aplicación de fertilizante. La combinación de rotación de cultivos con fertilizante orgánico puede reducir el porcentaje de hongos/bacterias en mayor medida. Además, el contenido de agregados de suelo y materia orgánica tuvo una gran influencia en las bacterias Gram-positivas y actinomicetos. En conclusión, la rotación de cultivos de soja y maíz mejora principalmente el contenido de nutrientes del suelo al influir en la composición de la comunidad bacteriana, especialmente las bacterias Gram-positivas.