La apnea obstructiva del sueño (AOS) en pediatría es un trastorno del sueño altamente prevalente que resulta en hipoxia intermitente crónica (HIC) y que se ha relacionado con el metabolismo y el deterioro endocrino. La acetilación de proteínas, que es una modificación postraduccional que ocurre con frecuencia, desempeña roles fundamentales en la regulación de los procesos hipotalámicos. Sin embargo, los efectos de la acetilación global de proteínas inducida por HIC en la función hipotalámica y el metabolismo endocrino siguen siendo poco comprendidos. Para cerrar esta brecha de conocimiento, realizamos un estudio utilizando cromatografía líquida-espectrometría de masas para analizar el acetiloma de lisina y el proteoma del hipotálamo en ratones infantiles sanos expuestos a 3 semanas de hipoxia intermitente (como modelo de HIC) en comparación con ratones normóxicos (como controles). Nuestro análisis identificó y cuantificó 2699 sitios de Kac en 2453 proteínas. Estas proteínas acetiladas mostraron alteraciones principalmente en el metabolismo endocrino, el ciclo del citrato (ciclo de TCA), la función sináptica y la sincronización circadiana. Además, observamos una significativa regulación a la baja de proteínas que se sabe que están involucradas en la secreción de hormonas endocrinas. Este estudio tuvo como objetivo elucidar los mecanismos moleculares subyacentes a las alteraciones en la acetilación de proteínas inducidas por HIC dentro del hipotálamo. Al proporcionar información valiosa sobre los procesos patofisiológicos asociados con HIC y sus impactos en la función hipotalámica, nuestros hallazgos contribuyen a una comprensión más profunda de las consecuencias derivadas de los cambios inducidos por HIC en la acetilación de proteínas dentro del hipotálamo, así como su posible papel en el deterioro endocrino.