La manzana se cultiva ampliamente en regiones templadas. Las propiedades beneficiosas de la manzana para prevenir varias enfermedades son ampliamente conocidas. Sin embargo, variables cualitativas como la dulzura o la acidez pueden influir en la satisfacción del consumidor; son factores críticos para el consumo de frutas y esenciales en la cría de plantas. En el trabajo presente, se evaluaron 155 accesiones de manzana durante cinco años consecutivos (2014-2018). Cuatro azúcares individuales y siete ácidos orgánicos fueron analizados por HPLC. Se ajustó un modelo de efectos mixtos con accesiones y las características climáticas de los años como variables independientes. Se aplicó un análisis de conglomerados en los coeficientes del modelo de efectos mixtos. Se consideraron cuatro grupos como óptimos. La genética parecía tener el efecto más fuerte y mostraba claras diferencias entre los grupos de accesiones, mientras que los efectos del clima eran fuertes solo para ciertos compuestos y tenían un comportamiento más horizontal afectando por igual a los diferentes grupos de accesiones. De hecho, las variedades no españolas tendían a concentrarse, mientras que las accesiones autóctonas tenían una dispersión mucho más amplia. Las concentraciones de azúcares y ácidos individuales se correlacionaron negativamente con la precipitación y positivamente con el rango de temperatura y la radiación solar en todos los grupos de accesiones. La región geográfica donde se cultiva el huerto es, por lo tanto, muy importante en los perfiles resultantes de metabolitos. Además, la genética de la manzana también jugaría un papel decisivo, como se destaca en el análisis de conglomerados.