Las plantas medicinales desempeñan un papel importante en la salud pública, especialmente en los países en desarrollo, y entre ellas, Cunila galioides Benth. es una planta medicinal y aromática natural originaria del sur de Brasil. Los flavonoides, presentes en cantidades significativas en algunas especies de Cunila sp., poseen diversas propiedades y su contenido puede verse afectado por el estrés por aluminio. En este contexto, el objetivo de este trabajo fue evaluar la influencia de diferentes niveles de aluminio en la solución nutritiva sobre el crecimiento y el contenido de aceites esenciales y flavonoides en tres quimiotipos de Cunila galioides. Los parámetros vegetales evaluados fueron la materia seca aérea, la materia seca radicular, la longitud de la raíz, el número de raíces, las concentraciones de calcio y aluminio en el tejido vegetal, el contenido de flavonoides, así como el rendimiento de aceite esencial y la concentración de sus componentes mayoritarios. Los resultados mostraron que la adición de 30,0 mg.L–1 de Al3+ a la solución nutritiva produce una disminución de todos los parámetros agronómicos evaluados, con pérdidas en el rendimiento del cultivo para la mayor concentración estudiada. Se encontró que la población de André da Rocha fue la más tolerante al aluminio, mientras que la de Bom Jardim da Serra fue la más sensible. La concentración de aluminio no influyó en el rendimiento de la extracción ni en el contenido de componentes mayoritarios en los aceites. La concentración de flavonoides aumentó significativamente en las poblaciones tolerantes a la concentración de aluminio en la solución nutritiva, lo que indica una relación entre la tolerancia y la producción de flavonoides, lo cual podría ser una característica interesante desde el punto de vista medicinal.