El clima y el suelo son factores importantes que afectan la calidad del azafrán. La calidad del azafrán se determina por el contenido marcado de metabolitos secundarios. El objetivo de este trabajo fue estudiar el efecto de las propiedades fisicoquímicas del suelo en los metabolitos secundarios del azafrán. Nuestro estudio se centró en el análisis de muestras de azafrán mediante cromatografía líquida de alta resolución con detección por arreglo de diodos (HPLC-DAD). Las muestras de suelo se analizaron mediante métodos fisicoquímicos, fluorescencia ED-XRF y difracción de rayos X para determinar los diferentes tipos de arcillas. Las muestras de azafrán cultivadas en suelos de arcilla limosa y arenosa contenían altos valores de crocinas y kaempferol 3-soforosido 7-glucósido, pero bajos valores de safranal. Además, las muestras de azafrán cultivadas en suelos ricos en materia orgánica, fósforo y potasio contenían altos valores de crocinas y kaempferol 3-soforosido 7-glucósido, pero bajos valores de safranal. Este enfoque original se llevó a cabo por primera vez en nuestro estudio, tanto por fluorescencia ED-XRF como por difracción de rayos X, para determinar qué elementos afectan la calidad del azafrán. Así, concluimos que las arcillas que contienen bajas cantidades de hierro podrían tener un efecto positivo en la fuerza de color del azafrán.