Durante los últimos 30 años, el Cerrado ha experimentado diversos impactos antrópicos que han alterado la composición de especies, la estructura y el funcionamiento de los hábitats acuáticos. Por lo tanto, los estudios sobre impactos negativos son útiles para prevenir daños futuros y restaurar la calidad ambiental. Los objetivos de nuestro estudio fueron: i) adaptar un índice de integridad biótica de los arroyos de la cuenca del río Cuiabá y ii) analizar si el Índice de Integridad Biótica (IBI) se correlacionaba con la calidad ambiental medida por el Índice de Calidad Ambiental (IEQ) y con la estructura del mesohábitat. Se muestrearon 26 arroyos en subcuencas del río Cuiabá. En cada arroyo, cerramos un tramo de 50 m con redes de bloqueo y utilizamos pesca eléctrica para la captura de peces. Para obtener una medida de la calidad ambiental en las unidades muestreadas, caracterizamos el arroyo y su microcuenca. Para los análisis, utilizamos la correlación de Spearman, la prueba de Kruskal-Wallis y el análisis de regresión múltiple. Se recolectaron 697 individuos distribuidos en 6 órdenes, 15 familias y 49 especies. El IBI siguió los cambios en la calidad ambiental medida por el IEQ al eliminar del análisis los arroyos con barreras naturales (r² = 0,4; r² = 0,58). Los tipos de uso del suelo no afectaron la integridad biótica (n = 26; gl = 4; H = 4860; p = 0,302), pero las barreras naturales y artificiales sí la afectaron (n = 26; gl = 4; H = 11027; p = 0,026). El IBI no fue sensible a las variaciones en la estructura del mesohábitat (F²,23 = 0,373; r² = 0,031; Eje 1 p = 0,620; Eje 2 p = 0,490). El IBI es sin duda un instrumento razonable para evaluar los cambios en el entorno, pero no podemos ignorar que pudimos obtener el mismo resultado con cualquier combinación de métricas. Esto dificulta su análisis e interpretación.