Muchas especies se encuentran entre las rizobacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPR) que promueven el crecimiento de muchas especies de plantas diferentes. Este estudio tuvo como objetivo investigar los efectos de KNU-07 en el crecimiento de plantas de pimiento y la microbiota del suelo. También diseñamos cebadores específicos para la cepa KNU-07 para monitorear la población en el suelo cultivado con pimiento. En consecuencia, se diseñó un par de cebadores específicos de cepa utilizando una base de datos construida a partir de 16,160 genomas bacterianos completos. Empleamos PCR cuantitativa (qPCR) para rastrear la abundancia de la cepa KNU-07 introducida en el suelo cultivado con pimiento utilizando los cebadores específicos de cepa. Nuestro estudio reveló que la cepa se encontró que posee actividades promotoras del crecimiento de las plantas (PGP), y promovió el crecimiento de plantas de pimiento. La estructura de la comunidad bacteriana del suelo debido a la aplicación de la cepa PGPR cambió significativamente después de seis semanas post-inoculación. Además, según el análisis de qPCR, la población de la cepa introducida disminuyó con el tiempo. En este estudio, la aplicación de una cepa PGPR aumentó el crecimiento de plantas de pimiento y cambió la estructura de la comunidad bacteriana del suelo. Los resultados exitosos del monitoreo de la población de una cepa bacteriana utilizando un solo par de cebadores específicos de cepa pueden proporcionar información importante sobre la cuantificación de bioinoculantes en condiciones de suelo no estériles.