El control microbiano a través de terapias alternativas, como la membrana amniótica (AM) y la terapia fotodinámica antimicrobiana (aPDT), ha ganado prominencia con el avance de la resistencia bacteriana a los tratamientos convencionales. Este estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto antimicrobiano de la AM aislada y asociada con aPDT utilizando PHTALOX como fotosensibilizador (PS) contra biofilms. Los grupos estudiados fueron: C+; L; AM; AM+L; AM+PHTX; y AM+aPDT. Los parámetros de irradiación fueron 660 nm, 50 J.cm y 30 mW.cm. Se llevaron a cabo dos experimentos microbiológicos independientes en triplicado, y los resultados se analizaron mediante el conteo de UFC/mL y una prueba de actividad metabólica, ambos analizados estadísticamente (< 0.05). La integridad de la AM se verificó después de los tratamientos mediante un microscopio electrónico de barrido (SEM). Los grupos AM, AM+PHTX y, principalmente, AM+aPDT mostraron una diferencia estadística en comparación con C+ respecto a la disminución en UFC/mL y actividad metabólica. El análisis SEM mostró alteraciones morfológicas significativas en los grupos AM+PHTX y AM+aPDT. Los tratamientos con AM aislada o asociada con PHTALOX fueron adecuados. La asociación había potenciado el efecto del biofilm, y las diferencias morfológicas presentadas por AM después del tratamiento no obstaculizaron su efecto antimicrobiano, lo que fomenta su uso en locales de formación de biofilm.