Los microbios no modelo con metabolismos únicos y diversos se han convertido en estrellas en ascenso en la biología sintética; sin embargo, la falta de técnicas eficientes de ingeniería genética aún obstaculiza su desarrollo. Recientemente, el uso de editores de bases ha surgido como un método versátil para la ingeniería genética en una amplia gama de organismos, incluidos los microbios no modelo. Este método es una fusión de la nucleasa CRISPR/Cas9 dañada y la desaminasa de bases, lo que permite la mutación puntual precisa en el objetivo sin inducir recombinación homóloga. Esta revisión actualiza los últimos avances de los editores de bases en microbios, incluyendo la conclusión de todos los microbios que han sido investigados por editores de bases, la introducción de editores de bases recién desarrollados y sus aplicaciones. Proporcionamos una lista que concluye de manera integral aplicaciones específicas de los editores de bases en microbios no modelo, que desempeñan roles importantes en los campos industrial, agrícola y clínico. También presentamos algunos microbios en los que los editores de bases no se han establecido completamente, con la esperanza de que se exploren más y que otras especies microbianas puedan lograr conversiones de bases arbitrarias. Se plantean los obstáculos actuales que enfrentan los editores de bases y las soluciones. Por último, se discuten los editores de bases altamente eficientes y otras versiones desarrolladas para la reprogramación genómica de células, mostrando un gran potencial para la futura ingeniería de microbios no modelo.